Les Nukenins sont des déserteurs, des ninjas qui ont fuit leur village. La plupart sont recherchés par les chasseurs de déserteurs de leur village natal mais pas tous, certains se sont faits passer pour morts. Si vous n'êtes pas pourchassés il est possible que vous retourniez dans votre village. Sinon vous pouvez être chasseur de primes, tueur à gages, ou bien faire le bien en aidant les plus pauvres...